Pokud je napájecí zdroj používán, může být nesprávně připojen nebo zkratován. Kromě toho může dojít k poruše samotného napájecího zdroje a způsobit abnormální výstupní napětí. Proto jsou při návrhu a výrobě napájecího zdroje velmi důležitou součástí bezpečnostní specifikace. Ochrana napájecího zdroje má dva aspekty, jedním je zabránit spálení dalšího příslušenství a druhým chránit se před poškozením.
Ochrana vnějšího zdroje je především přepěťová a podpěťová ochrana, což znamená, že když je výstupní napětí napájecího zdroje příliš vysoké nebo příliš nízké na to, aby bylo abnormální, zdroj přestane fungovat. To je pro celý stroj velmi důležité, protože většina drahých komponentů je poměrně křehká a díky vysokému napětí se snadno spálí.
Aby se tomu zabránilo, je nutné hlídat každé výstupní napětí zdroje. Přístup konstruktéra napájení spočívá ve vzorkování výstupního napětí přes vzorkovací obvod a vzorkovaný signál je připojen k řídicí části přes komparátor. Jakmile je výstupní napětí abnormální, vzorkovací signál se okamžitě projeví a řídicí část bude upozorněna na vypnutí. To může účinně chránit zadní části připojení. Pro celý stroj je velmi důležité, zda má zdroj rychlou přepěťovou ochranu. Aby nedocházelo k vyhoření způsobenému nadměrným proudem, je zdroj vybaven pojistkou.
